2000年（平成12年）
胃潰瘍・十二指腸潰瘍に対する除菌診療が保険適用となりました。

2010年（平成22年）
胃MALTリンパ腫、ITP、早期胃がんに対するEMR後胃が公知申請により保険適用となりました。

2013年（平成25年）
「ヘリコバクター・ピロリ感染胃炎」が保険適用となりました。

すなわち、この2013年の時点からピロリ菌感染者のほとんどに存在する「ピロリ菌感染胃炎（ヘリコバクター・ピロリ感染胃炎）」が保険適用になったので、「ピロリ菌感染があり、胃カメラ（内視鏡）で慢性胃炎と判断された方」に対して、保険を用いた除菌治療が可能となりました。

言い換えれば、ピロリ菌が関与している「ピロリ菌感染症」のほとんどに対して除菌治療が保険適用になったと言えます。

2009年に日本ヘリコバクター学会から発行された「H. pylori感染の診断と治療のガイドライン」では、ピロリ菌感染に関連した疾患をまとめて「ピロリ菌感染症」と呼び、全てのピロリ菌感染症に対する除菌治療が推奨されています。

この中で、臨床的に重要なのは胃潰瘍・十二指腸潰瘍であり、ピロリ菌を除菌すると潰瘍の再発はほとんどなくなります。胃潰瘍、十二指腸潰瘍の患者さんはピロリ菌に感染していることが多く、潰瘍の発症ならびに再発に関係していることがわかっています。胃潰瘍・十二指腸潰瘍の患者さんのピロリ菌感染率は約90%と報告されています。

そのほかの疾患としては、胃・十二指腸疾患のみでなく、特発性血小板減少性紫斑病（ITP）や鉄欠乏性貧血など、胃と関係ないと思われる疾患にもピロリ菌が関連していることが判明しています。