B型肝炎ウイルス（HBV）の遺伝子型（ジェノタイプ）は、A型からJ型まで少なくとも10種類の型があります。この遺伝子型（ジェノタイプ）には、地域特異性があり、慢性化率など臨床経過に違いがあることがわかっています。

日本全国複数施設の共同研究により解析可能であった720例のB型肝炎ウイルス（HBV）遺伝子型（ジェノタイプ）の分布状況は

HBV/C（ジェノタイプC）　約85%
HBV/B（ジェノタイプB）　約12%
HBV/A（ジェノタイプA）　約2%

このうち遺伝子型A(ジェノタイプA)はAa（アジア・アフリカ型）とAe（欧米型）に分かれますが、1995年以降、日本では稀だった欧米型HBV/Aeの割合が増加しています。

遺伝子型A（ジェノタイプA）によるB型急性肝炎の肝障害の程度は遺伝子型C（ジェノタイプC）と比較して軽いのですが、HBs抗原消失までの期間が長く、遺伝子型Aの慢性化率は遺伝子型Cと比較して高くなる傾向があることが報告されています。

B型肝炎ウイルス（HBV）には4種類の血清型（主要サブタイプadr、adw、ayr、arw）がありますが、異なる血清型で交差免疫が成立することがチンパンジーを用いた動物実験などで観察されており、2つの国産B型肝炎ワクチンは、異なる血清型や遺伝子型が異なるB型肝炎ウイルス（HBV）にも効果があると考えられています。